Η ανάγκη προστασίας των κατοίκων από επιδημίες που μεταδίδονταν από πλοία που έφθαναν στο λιμάνι της Σκάλας οδήγησε στη λειτουργία κάποιας μορφής λοιμοκαθαρτηρίου, όπου ασθενείς περιορίζονταν για όσο διάστημα κρινόταν αναγκαίο έως ότου αποθεραπευτούν. Πρόχειρο λοιμοκαθαρτήριο λειτούργησε περιστασιακά κατά τον 18ο αιώνα στην περιοχή της Αλυκής, δηλαδή μακριά από την πόλη της Λάρνακας και την παραλιακή οικιστική λωρίδα της Σκάλας. Όμως οι συχνές επιδημίες και η αύξηση του πληθυσμού επέβαλλαν τη δημιουργία μόνιμου λοιμοκαθαρτηρίου (“Λαζαρέτου” ―ή “Καραντίνας” όπως αργότερα ήταν γνωστό).
Το πρώτο “Λαζαρέτο” λειτούργησε από τον Αύγουστο του 1835 και για περίπου μία δεκαετία στο χώρο του παραλιακού Κάστρου, ύστερα από ενέργειες των κατοίκων της πόλης, με συμβολή Προξένων αλλά και του γιατρού Παύλου Βαλσαμάκη (1802-1889), ο οποίος ήταν και διευθυντής του κατά τα πρώτα δύο χρόνια της λειτουργίας του.
Το 1845 μεταφέρθηκε σε ειδικές εγκαταστάσεις σαράντα δωματίων, με βοηθητικούς χωρους και αποθήκες, σε ανατολικότερο σημείο κοντά στην παραλία, όπου, λίγο πριν από τον Δεύτερο Παγκόσμιο Πόλεμο κτίστηκε ο σημερινός κεντρικός Αστυνομικός σταθμός της Λάρνακας.
Παρά τη λειτουργία λοιμοκαθαρτηρίου και τα μέτρα προστασίας που λαμβάνονταν, μία επιδημία μπορούσε να προκαλέσει πολλούς θανάτους. Για παράδειγμα, κατά την επιδημία χολέρας του Ιουλίου 1865, στη Λάρνακα, που είχε τότε πληθυσμό περίπου δέκα χιλιάδων κατοίκων, ασθένησαν οι μισοί και πέθαναν 354. Κατά την επιδημία ευλογιάς του 1897 προσβλήθηκαν 406 πολίτες, από τους οποίους πέθαναν οι 90.
